La Constitución, las leyes y reglamentos confieren a la unidad de Investigación de la FEDE la facultad y atribución de investigar y perseguir los hechos que pudieran considerarse constitutivos de delitos en materia electoral e integrar las carpetas de investigación destinando para ello los recursos materiales y humanos de los que dispone de acuerdo a la legislación aplicable, teniendo como principales objetivos la procuración de justicia y la protección del adecuado desarrollo de la función pública electoral.

Para el desarrollo de los actos de investigación la FEDE mantiene estricto apego a derecho y a los lineamientos del debido proceso y presunción de inocencia.